Plasmid - Biomolekuler

Loading...

Plasmid


  Plasmid bentuknya sirkuler
  Molekul DNA yg bereplikasi sendiri (tdk tergantung pd kromosom)
  Membawa beberapa gen tapi tdk penting (maksudnya ada atau tdk ada gen tersebut, sama saja. Misalnya gen resistensi terhadap senyawa tertentu)
  Dimiliki oleh prokariot
  Dimiliki oleh eukariot sprti Entamoeba histolityca, yeast
  Ukurannya bervariasi dari 1 kilo base pair (kbp) sampai 400 kbp
  Dalam 1 sel tunggal terdapat 1 copy, untuk plasmid yg besar bisa terdapat beratus-ratus copy plasmid. Ada yg banyak & ada yg sdkt copy-an plasmidnya.
  Plasmid bisa diisolasi, gampang dikeluarkan dr sel.
  Plasmid mudah dimanipulasi dan diiisolasi dari bakteri. Setelah dimodifikasi, plasmid rekombinan  tersebut dapat dintegrasikan (di-insert) ke dalam genom, tumbuhan, protista, dan mamalia.
  Plasmid bisa berkembang menjadi banyak.
  Walapun kecil, plasmid memiliki peranan penting dlm rekombinasi DNA

Plasmid bakteri :
  1 gen panjangnya (paling kecil) 1,5 kbp (kilo base pair)
  Plasmid = DNA di luar kromosom
  Otonomi, dpt mengganda sendiri atau menghancurkan diri sendiri.
  Plasmid sepanjang hidupnya autonom (berdiri sendiri)


Tipe plasmid :

1. Klasifikasi plasmid berdasarkan kemampuan mentransfer ke bakteri :

a)      Konjugasi : pada plasmid F menginisiasi terbentuknya philus (bakteri jantan). philus ad/ saluran yang menonjol, melekat, & melisis bakteri lainnya, sbg jembatan sitoplasma. Plasmid bereplikasi, kemudian plasmid replikasi yg baru dipindahkan ke sel bakteri pasangannya. Plasmid ini memiliki 25 gen yg diperlukan untuk transfer.
b)     Non konjugasi : plasmid non-konjugasi tidak melakukan konjugasi. Plasmid ini hanya dapat di trannsfer dengan bantuan plasmid konjugasi.
c)      Mobilisabel : pada saat tertntu bisa pindah, pada saat lain tdk. Membawa hanya sebagian dr gen diperlukan untuk transfer. Juga bisa pindah (parasit) pada saat konjugasi plasmid .

Kelompok yg tdk cocok :
Beberapa jenis plasmid bisa hidup berdampingan dalam satu sel. Di sisi lain, plasmid terkait seringkali ‘tdk sesuai’, yg mengakibatkan hilangnya plasmid tersebut.





2. Plasmid berdasarkan fungsinya :

  Plasmid (F) fertilitas : untuk conjogasi, terdapat dlm gen untuk phili
  Plasmid (R) resistensi : mengandung gen-gen yang membawa resistensi bakteri, antibiotik, maupun racun
  Col-Plasmid, mengandung kolkisin yg dpt membunuh bakteri yg lain
  Plasmid degradasi, plasmid yg mempunyai gen yg dpt menghasilkan senyawa yg dapat mencerna, misalnya toluene atau asam salisilat
  Plasmid virulence (patogen opertunistik) : plasmid yg dapat menyebabkan patogen. Klw masuk ke dlm sel bakteri, dpt mengubah bakteri yg tdk patogen mnjdi patogen.
  Addiction system : plasmid ini menghasilkan racun jangka panjang dan pengakal singkat. Sel anak yang menyimpan salinan plasmid bertahan hidup, sementara sel anak yang gagal untuk mewarisi plasmid meninggal atau menderita penurunan pertumbuhan tingkat karena racun tersisa dari sel induk.

Episome :
  Episome ad/ unit materi genetik yg terdiri dr serangkaian gen yg kadang-kadang memiliki eksistensi independen dalam sel inang dan pada waktu lain terintegrasi ke dalam kromosom sel.
  Episome dpt berdiri sendri maupun berintegrasi dgn kromosom.
  Dapat bereplikasi sendiri bersama dengan kromosomnya
  Episome hadir di semua organisme, yaitu :
ü  Virus : bakteriofage dlm bakteria (litik at/ lisogenik fage, profage & provirus)
ü  Sex factor : faktor seks seperti faktor F adalah otonom, ekstrakromosomal. Hfr (high frequency recombination/rekombinasi frekuensi tinggi) adalah urutan yg sama, tetapi terintegrasi ke dalam kromosom inang.
ü  Plasmid : bisa sprti plasmid, suatu saat dpt berintegrasi dgn kromosom.
ü  Transposon : potongan gen yg suka lompat2, memotong gen, kmudian pindah2 (ditemukan pada jagung berbagai warna, ungu). Sementara mreka juga bisa eksis di luar kromosom, mereka lbh memilih untuk, & dirancang u/ mengintegrasikan ke dlm kromosom mngikuti grkan mreka dari satu sel ke sel yg lain. Misalnya, Kelas 1 transposon mengkodekan gen resistensi obat.


  Integrons adalah elemen DNA sel mampu menangkap gen, terutama yang mengkode resistensi antibiotik, oleh situs-spesifik rekombinasi.
  Kelas 1 integrons telah diperiksa paling luas. Mereka terdiri dari variabel daerah berbatasan dengan 5 'dan 3' dilestarikan daerah. Daerah ini 5 'terdiri dari gen int1, Atti, dan promotor Pr. Pr drive transciption gen di wilayah variabel. 3 kawasan terdiri dari qacED1 *, coding pompa penghabisan beberapa substrat, gen ketahanan sulfonamide. ??
  Gen resistensi antibiotik yang menangkap integrons terletak di kaset gen. Kaset terdiri dari gen promoterless dan situs rekombinasi (ATTC). Kaset dapat eksis sebagai gratis, DNA melingkar tetapi tidak dapat direplikasi atau dicatat dalam formulir ini. Sebuah peristiwa rekombinasi terjadi antara Atti dan ATTC, mengintegrasikan kaset ke integron tersebut. Gen pada kaset ini kemudian terikat oleh situs attI di 'sisi dan oleh ATTC pada 3' 5 sisi

  Pada bakteri, plamid ditemukan dlm bentuk supercoil. Supercoil  S dan relaxed (terbuka-longgar) bentuk dapat dilihat di bawah mikroskop elektron, dalam elektroforesis atau setelah sentrifugasi.
  Bentuk supercoil bermigrasi dan dengan cepat membentuk sedimen masing-masing setelah eletrophoresis dan sentrifugasi.
  Topoisomerase membantu untuk lulus dari satu bentuk ke bentuk yang lain seperti yang kita lihat sebelumnya.

Plasmid dalam biologi molekuler :

Persyaratan minimum untuk plasmid yang berguna untuk teknologi rekombinasi:
  1. Asal replikasi (ORI). ORI memungkinkan DNA plasmid yang direplikasi secara independen dari kromosom
  2. Selectable marker: memungkinkan untuk memilih sel yang memiliki plasmid Anda.
  3. situs enzim restriksi di daerah-daerah non-esensial dari plasmid.

Replikasi plasmid dimulai dalam situs-cis yang disebut ORI. Ini hasil baik oleh lingkaran bergulir atau mekanisme replikasi theta. Beberapa elemen plasmid-dikodekan yang diperlukan untuk replikasi mereka, molekul RNA antisense tersebut dan urutan DNA berulang terletak dekat dengan ori, menentukan patrbitu lasmid seperti nomor copy dan ketidakcocokan.

  Plasmid sering mengandung gen atau gen-kaset yang memberikan keuntungan selektif ketika mereka berada di dalam bakteri:
      resistensi terhadap antibiotik
      resistensi terhadap herbisida
      produksi insektisida
  untuk bakteri menyimpan mereka, misalnya, kemampuan untuk membuat antibiotik bakteri resisten.

  Satu-satunya perbedaan antara dua vektor ini adalah orientaion dari ori f1
  Bisa jadi dari kanan ke kiri
  Atau dari kiri ke kanan
  Apa itu titik ORI F1
  Ori f1 adalah asal replikasi dari F1 fag
  Kemudian, vektor pGEM termasuk f1 berasal dari hasil replikasi bakteriofag :
      pGEM 3Zf1 (+) dalam satu sens
      pGEM 3Zf1 (-) di sens lainnya.

Transformasi :

Pada bakteri dan ragi: transformasi adalah transfer informasi genetik dari donor ke penerima menggunakan DNA telanjang tanpa sel kontak sel. DNA dari donor di media di mana ia dikeluarkan. Penerima mengambil DNA hal ini: tidak ada persyaratan untuk sel kontak sel.
  Satu-satunya keterbatasan penyerapan ini adalah sistem restiction

1. transformasi alam (jarang namun berbahaya):
  Banyak bakteri dapat memperoleh gen baru dengan mengambil molekul DNA (misalnya, plasmid) dari lingkungannya. Sementara strain bakteri alami transformable ada, ini cukup langka yang disebabkan transformasi yang lebih penting bagi genetika tersebut.? Sebuah DNA ditangkap harus menghadapi pembatasan!
2. eksperimental: di laboratorium, DNA diperkenalkan oleh salah satu metode berikut: ??
a. Kalsium klorida (diikuti oleh panas shock) metode
b. Elektroporasi.
c. liposom
* di eucaryotik selain ragi, transformasi disebut transfeksi

  Dalam transformasi vitro dilakukan selama pertumbuhan yang cepat.
  Transformasi DNA adalah proses dimana DNA dapat ditransfer ke ragi atau bakteri. Selama pertumbuhan yang cepat dari E. Coli, bakteri, maka membran sel memiliki ratusan pori-pori, yang disebut zona adhesi. Transformasi dilakukan selama pertumbuhan cepat ketika pori-pori ini hadir (terbentuk).


Liposom :
  Memperkenalkan DNA secara fisik ke dalam sel Anda dapat menggunakan liposom.
  Liposom yang lipid bilayer-vesikel yang dibatasi. Diproduksi oleh hydrating lipid dalam larutan air. Jika DNA hadir dalam larutan, menjadi dimasukkan ke dalam liposom.
  Liposom berinteraksi dengan membran sel. Isi liposomal ditransfer ke dalam sel. Kedua fusi membran dan endositosis telah terlibat sebagai mekanisme.
  Gen-gen hadir dalam DNA ditransfer dapat dinyatakan secara sementara.
  DNA yang ditransfer juga dapat mengintegrasikan ke dalam kromosom dan baris sel yang mengandung gen yang terintegrasi dapat dipilih.

Agrobacterium tumifaciens :

Disusun oleh Muliana G. H - 2015
Loading...

0 Response to "Plasmid - Biomolekuler"

Posting Komentar